تلاش کرد تا دین جدیدی که متمرکز بر پرستش آتون، ایزد خورشید بود، را در مصر رواج دهد اما به موفقیت چندانی دست پیدا نکرد و مورد پذیرش عمومی قرار نگرفت. پس از مرگش، یادبودها و تندیسهای او را نابود و نامش را از فهرست فراعنه پاک کردند.دین پیشین جایگاه خود را مجدداً به دست آورد و فرعونهایی که با فاصله چند سال از مرگ اخناتون به قدرت رسیدند و رابطه خونی مشخصی با سلسله هجدهم نداشتند، از اخناتون در نوشتههایشان با نام دشمن و آن مجرم یاد میکردند.